Este tema se me ha planteado en la manera que gestiono las etiquetas (tags) de mis imágenes. Intento reorganizar toda mi biblioteca para gestionar todo desde darktable. Cosa que si se puede hacer, pero debemos replantearnos la manera de hacerlo cuando ya habías adquirido una forma de trabajar con las mismas.
Darktable almacena sus datos en dos archivos de base de datos en la carpeta de configuración .config. Estas dos bases de datos son: data.db y library.db.
Mi planteamiento surgió a raíz de haber de borrar diversas etiquetas que traían las imágenes y que una vez importadas se cargan en el listado de nuestra base de datos. Si queremos borrarlas desde el mismo programa deberemos hacerlo de forma unitaria, de una en una, y según requieran nuestras necesidades, ese proceso puede ser eterno.
Eso me llevo a plantearme como poder borrar i/o modificar esos datos de una forma más ágil. Para esa función se encuentra un programa de gestión de bases de datos, que en mi caso escogí
DB Browser for SQLite
Segun que distribución se use puede variar el orden a SQLite DB Browser
Este programa nos permite ver que datos almacena cada archivo y los datos que contienen cada tabla de los mismos.
En sendas imágenes podemos observar que tablas de datos contiene cada archivo.
En mi caso, mi principal uso esta en la modificación y borrado de las etiquetas de mis fotografías. Advertencia: no me hago responsable del uso que podais darle y lo que hagais con vuestras tablas, 
Hemos de tener en cuenta que a veces nos puede interesar hacer un cambio de ruta de la etiqueta antes que borrarla y crearla de nuevo.
También hay que tener en cuenta que darktable no admite dos etiquetas iguales, como es de suponer. Por si escribimos mal una etiqueta y no nos dimos cuenta; y ya tenemos otra correctamente, lo más práctico, será asociar la correcta a la foto y disociar la incorrecta. Luego borrarla de la base de datos.
Una vez borrados los registros de la base de datos nos aparecerá esta información
Una vez hayamos terminado con nuestras modificaciones, hay que guardar el archivo para que tengan efecto, y reiniciar darktable si lo teníamos abierto.
Y nada más. Que le pueda ser útil a alguien más y nos leemos! Saludos!