¿Borrado manualmente? Pues mira primero en la papelera, a ver si está el xmp original.
Si no, mira si tenías alguna copia de seguridad en la que puedas restablecer el xmp anterior.
Otra cosa que puedes hacer: dentro de DT, al abrir la imagen (el raw), si no has comprimido el historial que tienes en la parte izquierda, puedes ir clicando hacia abajo hasta ver si era así como lo tenías.
Por partes. Darktable, además de escribir el archivo xmp, funciona con una base de datos propia de la que extrae el historial; por eso, cuando entras de nuevo la reconstruye. El xmp serviría sobre todo para reconstruir el hisotrial en caso de corrupción de la base interna de Darktable o desinstalación y posterior reinstalación del programa: así nada se pierde, ni en el peor de los casos, si cuentas con los archivos xmp.
Si lo que deseas es restablecer el historial de acciones, vale lo indicado por @Gigalux para retornar a un punto anterior. Pero si lo que quieres es empezar de cero, habrás de pulsa el indicador que aparece en lesa misma pestaña, “historial”, arriba a al derecha, junto a las tres barritas horizontales. Aparece la opción de restablecer todo el historial.