Hola: Vayamos por partes:
No recomiendo para nada compartir ni siquiera un subdirectorio para ser importado por darktable en güin y en linux. Te va a dar muchos problemas, empezando por los *.xmp que ya estén.
Yo tengo desde hace muchos años un pc con arranque dual y, desde que se les ocurrió el fork a güin, por curiosidad lo instalé, lo miré, y ahí está, inútil por falta de uso.
No sé lo que pasará con las versiones más recientes, pero desde luego darktable se creó desde y para linux y es normal que funcione mejor en linux.
Pretender lo contrario carece de lógica máxime cuando ya se rumoreó hace año y medio que consideraban no “actualizar las versiones foráneas de mac y güin”.
Lo único malo de pasarte a linux es que te darás de cabezazos por no haberlo hecho antes.
Tampoco jugaría mucho con la base de datos: es peligroso y embarazoso aún teniendo copia de seguridad ¿la tienes?¿de todos los ficheros necesarios? porque darktable se me antoja muy quisquilloso: antes, cuando instalabas una actualización, te pedía si querías conservar la base de datos: ahora nunca me lo pide, pero si miras ./config/darktable verás que va aumentando el número de ficheros y el peso del conjunto. Son copias de lo anterior y yo me cuido de hacer copias de todo en un hd externo, porque un día se me ocurrió hacer algo que debía hacer y tuve que restaurar todo, con el inconveniente que la versión de darktable era más reciente y perdí algunas etiquetas.
Se aplica la sana costumbre: si funciona, no lo toques.
En tu caso, mira el directorio y comprueba que tienes dos ficheros tal que así: data.db y library.db que serán del mismo dia. Y luego, deberías tener por lo menos dos ficheros tal que así: data.db-snp-2025(lo que sea) y library.db-snp-2025(lo que sea pero igual que el otro). Esos son copias que hace el sistema.
También debes tener: darktablerc shortcutsrc y shortcutsrc.defaults y keyboardrc, este más antiguo que todos los otros.
Los datos de los ficheros son los que encuentro en linux, por supuesto.
Antes de hacer nada, copia de seguridad de todo. Ojito con cambiar subdirectorios y luego dar la culpa a darktable y a su excelente base de datos por no hallar nada.
Mucha suerte.